Проведение вышестоящими налоговыми органами повторных проверок налогоплательщиков является одним из способов контроля соблюдения нижестоящими налоговыми органами законодательства о налогах и сборах, в том числе приказов Минфина РФ, ФНС РФ, а также методов проведения проверок, полноты отражения в актах проверок необходимой информации, фактов нарушений и т. д.
По факту, в ходе проверки деятельности нижестоящего налогового органа вышестоящим, последний проверяет бухгалтерскую и налоговую отчетность налогоплательщиков, в отношении которых уже были осуществлены меры налогового контроля в виде налоговых проверок нижестоящим органом.
Следовательно, проверка деятельности нижестоящего органа для налогоплательщика является повторной.
Таким образом, если в ходе проведения первоначальной проверки налогоплательщика нижестоящей инспекцией были не полно выяснены какие-либо вопросы, касающиеся исчисления и уплаты налоговых платежей, вышестоящий налоговый орган наделен полномочиями в рамках повторной проверки доначислить недостающие суммы налогов, пени, а также привлечь налогоплательщика к налоговой ответственности за совершение налогового правонарушения при условии соблюдения процедуры проведения и документального оформления проверок, закрепленной в НК РФ.
Так как налоговые органы входят в вертикальную систему государственной власти, вышестоящий контроль необходим.
Однако на практике, повторные налоговые проверки иногда используются вышестоящими налоговыми органами в случаях, когда решение нижестоящего налогового органа признанно недействительным решением Арбитражного суда.
Позиция налоговых органов сводится к тому, что даже в случае если решение нижестоящего органа признанно недействительным, доначисление налогов, пени и штрафов, практически по тем же основаниям, по результатам повторной проверки является законным и обоснованным, так как право вышестоящего органа на проведение повторной проверки установлено Налоговым Кодексом РФ.
Однако у судей Конституционного суда РФ по результатам рассмотрения жалобы налогоплательщика о проверки конституционности абзацев четвертого и пятого пункта 10 статьи 89 Налогового кодекса Российской Федерации сложилась противоположная позиция, которая была объявлена 17 марта 2009 года в рамках провозглашения Постановления КС РФ по данному делу.
После неудачных попыток обжалования решения областной налоговой инспекции о проведении повторной проверки в системе Арбитражных судов, (Высший Арбитражный суд РФ Определением от 18.06.08 г. №7463/08 отказал налогоплательщику в передаче дела на рассмотрение в Президиум суда, поддержав тем самым позицию налоговых органов) налогоплательщик обратился с жалобой в Конституционный суд РФ.
Суть спора заключалась в том, правомерно ли назначение повторной проверки, доначисление каких-либо дополнительных налоговых обязательств, в то время как результаты первой проверки, в том числе, фактические обстоятельства, доказательства и выводы налогового органа не были подтверждены вступившим в законную силу решением Арбитражного суда. В праве ли вышестоящий налоговый орган, фактически, пересматривать результаты судебного разбирательства, закончившегося не в пользу нижестоящего налогового органа за счет проведения повторной налоговой проверки?
Рассмотрев жалобу налогоплательщика, Конституционный суд РФ признал не соответствующими Конституции РФ положения пункта 10 статьи 89 НК РФ, позволявшие налоговым органам проводить повторные проверки налогообложения плательщиков,при наличии вступившего в силу судебного решения, которым результатам предыдущей проверки уже дана соответствующая оценка.
Позиция Конституционного суда РФ сводится к тому, что несудебный порядок проверки судебных решений не допустим. Проверка тех же фактических обстоятельств хозяйственной деятельности и доначисление тех же сумм налоговых обязательств, что и по результатам первоначальной проверки или доначисления по тем же основаниям дополнительных обязательств, нарушает конституционные гарантии защиты права собственности и право граждан на судебную защиту.
После провозглашения 17 марта 2009 г. Постановления КС РФ по указанному делу, налогоплательщик может смело обжаловать решения о назначении повторной проверки, при условии, что результаты первоначальной проверки уже были предметом рассмотрения суда и подтверждены вступившим в законную силу судебным решением. | 
